Uma recomendação particionar o SD pela CWM Recovery, depois disso, escolha a partição ext2 no Link2SD, ou então use algum programa para formatar o SD, junte as 2 partições e dps Particiona novamente, ah que for usar para mídia e etc deixe como FAT32 e a que for usar para o Link2SD use a ext2, 3 ou 4, não recomendo usar FAT32 para linkar apps, pois pode conflitar com a partição principal
Motorola Moto X
Rom: Stock 4.4.4 Retail
Kernel: Stock
Google Nexus 5
Rom: SimpleIAOSP Build 16
Kernel: ElementalX 2.10