Pastas ressurgindo no armazenamento interno

Bem, bom dia.

Estou experienciando alguns problemas no meu aparelho.
Dei um "factory reset", porém, algumas pastas e arquivos que estavam no armazenamento interno não foram deletados. Então, os apaguei manualmente. Só que, por algum motivo, essas pastas e arquivos voltam do além toda vez só para me pertubar

Apago esses arquivos usando o ES File Explorer (com permissão do SuperSU para fazer modificações). Inclusive, não consigo transferir arquivos para pastas que "são" do próprio sistema (por exemplo a pasta Music); apenas para a raiz do armazenamento interno.

Parece que está em um tipo de modo de "apenas leitura", mas sinceramente não sei por que isso aconteceu. Inicialmente pensei que tinha algo a ver com o XPosed, já que eu tinha uma porrada de módulos instalados, mas ai formatei de novo sem instalá-lo e continua na mesma.
Isso está também impedindo navegadores de fazer download, já que a maioria grava os arquivos no armazenamento interno. O único que consegui foi o Maxthon, já que tem sua própria pasta.
Alguns aplicativos também têm problemas para fazer suas funções por conta disso. Como o Musixmatch: provavelmente coloca as informações da música na memória interna, porém, não consegue fazer isso por conta desse problema que surgiu misteriosamente.

Basicamente, parece que as pastas internas estão com nada dentro delas e não consigo apagá-las, nem modificá-las.
Estou confuso, que diabos levou a isso, e como consertar?

Meu celular é um Moto G XT1040, com Android 5.1 e rooteado.

Oi, Guilherme.
O principal problema não é esse.
Por conta desse suposto apenas leitura, alguns aplicativos não funcionam corretamente pois não conseguem gravar arquivos na memória interna. E também, esses arquivos e pastas que não foram deletados e ressurgem são arquivos comuns, como fotos e textos.
Adicionalmente, um desses arquivos é um .zip de uma ROM de Nintendo DS, e provavelmente o celular está interpretando como algo importante que nem você disse, sendo que é nada.