Tive esse mesmo problema e encontrei essa solução do Marcelo Camargo no fórum do Google+ (plus.google.com/u/1/+MarceloCamargoRJ/posts/KwEfzvR7EJ6)
Solução paliativa para o problema do Comando Suspenso da Spen no MM.
Existe um bug na atualização do Marshmallow (6.0.1) que desativa o Comando Suspenso, esse problema pode ocorrer a qualquer momento em ROM Stock ou qualquer Custom ROM, inclusive no Note5. Seu Note pode estar funcionando normalmente e de repente o Comando Suspenso para de aparecer mesmo clicando no botão da Spen e fica inativa nas opções de configuração.
Enquanto a Samsung não disponibiliza uma correção, faça o procedimento abaixo para ter o Comando Suspenso funcionando novamente.
Configurações->Acessibilidade->Visão
Atalho de acessibilidade-> ative e desative
Gestos de ampliação-> ative e desative
clique com o botão da spen na tela para o Comando Suspenso voltar.